La Direcció General de Pesca exerceix les funcions establides en l'article 70 de la Llei 5/1983, de 30 de desembre, del Consell, i les altres previstes en l'ordenament jurídic, modernització d'infraestructures pesqueres, pesca i aqüicultura, així com el desplegament de polítiques destinades al sector pesquer i els seus professionals.

El desenvolupament d'aquestes funcions per la direcció general comprén les àrees següents:

1. Ordenació del sector pesquer, consistent a organitzar, promoure i modernitzar el sector pesquer així com controlar el cens de la flota operativa, els canvis de modalitats, canvis de port base, i supeditar la construcció i modernització dels vaixells pesquers; coordinar i fomentar la diversificació econòmica del sector pesquer i planificar les polítiques d'integració i igualtat en el sector; impulsar la modernització en el sector; promocionar l'associacionisme, fomentar la constitució d'organitzacions de productors, i el seu reconeixement; realitzar les activitats formatives del sector; col·laborar i preparar els processos electorals de les confraries de pescadors i de les seues federacions; així com determinar els agents autoritzats a exercir aquesta activitat i, en general, establir mesures que faciliten la transparència dels mercats pesquers; tramitar les línies d'ajuts i altres mesures destinades a la millora estructural del sector, així com els registres associats a les funcions pròpies.
2. Gestió de recursos pesquers, consistent a administrar l'activitat pesquera en les aigües interiors de la Comunitat Valenciana, i controlar l'esforç pesquer, establint com a mesures ordinàries les vedes espaciotemporals, els horaris d'activitat i les parades biològiques; coordinar i planificar l'activitat investigadora en matèria de recursos pesquers; elaborar propostes de plans de gestió de l'activitat pesquera, així com plans de seguiment dels recursos pesquers; analitzar les zones de marisqueig de mol·luscos bivalves a través de la presa de mostres per a la classificació d'aquestes i el posterior manteniment d'aquesta classificació; proposar la declaració i determinar l'activitat corresponent en les zones de protecció pesquera, autoritzar la instal·lació dels diferents tipus d'esculls artificials, en aigües interiors de la Comunitat Valenciana i el seu posterior seguiment; recopilar i processar la informació relativa al control de l'activitat pesquera, referida especialment a notes de primera venda, i esforç de la flota; coordinar, a escala autonòmica, la transposició de les mesures adoptades per la Secretaria General de Pesca; inspeccionar, vigilar, controlar i sancionar les activitats relacionades amb els recursos pesquers.
3. Sector de l'aqüicultura, consistent a organitzar, promoure i modernitzar el sector de l'aqüicultura; controlar el cens de la flota auxiliar, planificar les polítiques d'integració i igualtat en el sector; definir la política de promoció dels productes aqüícoles de la Comunitat Valenciana; coordinar i donar suport a la innovació en el sector; fomentar la constitució d'organitzacions de productors aqüícoles, controlar les zones de producció de mol·luscos bivalves, així com establir la classificació d'aquestes; foment de la recerca en noves espècies adaptables als sistemes de producció aqüícola; realitzar les activitats formatives del sector, així com gestionar les llicències i autoritzacions corresponents; gestionar les línies d'ajuts i altres mesures de foment destinades a la millora estructural del sector aqüícola, així com gestionar els registres associats a les funcions pròpies; inspeccionar, vigilar, controlar i sancionar les activitats relacionades amb els recursos pesquers; desenvolupar el Pla Estratègic d'Aqüicultura de la Comunitat Valenciana en el marc del pla nacional.
4. Primera venda, processament, transformació i promoció de productes pesquers i procedents de l'aqüicultura, consistent a autoritzar els establiments relacionats amb la comercialització pesquera i aqüícola; promocionar la renovació dels establiments relacionats amb la comercialització pesquera, gestionar les llicències i autoritzacions corresponents; millorar les infraestructures i els mecanismes relatius al processament i transformat dels productes de la pesca i l'aqüicultura; creació i promoció de marques i distintius de qualitat dins l'àmbit de la pesca i l'aqüicultura; tramitar les línies d'ajuts i altres mesures destinades a la millora estructural del processament i la transformació dels dos sectors.