La Direcció General de la Indústria i Cadena Agroalimentària exerceix les funcions establides en l'article 70 de la Llei 5/1983, de 30 de desembre, del Consell, i les altres previstes en l'ordenament jurídic, en matèria de seguretat en les instal·lacions de la indústria alimentària i el desplegament de polítiques que impulsen i modernitzen les infraestructures de la cadena agroalimentària i el funcionament eficient i sostenible de la cadena agroalimentària així com el control de la qualitat agroalimentària.

El desenvolupament de les funcions per la direcció general comprén les àrees següents:

1. Indústries agroalimentàries i concentració de l'oferta, consistent a donar suport a la gestió tècnica, documental i tramitació d'ajuts de les activitats de transformació i industrialització de les petites i grans empreses, cooperatives i organitzacions de productors agroalimentaris; la programació, desplegament i aplicació de les mesures i les polítiques sectorials actives relacionades amb l'organització, foment i millora de la diferenciació i competitivitat de les indústries agràries i alimentàries fent més èmfasi en l'aplicació del coneixement innovador, la tecnologia i la digitalització; la concentració de l'oferta i la millora de l'orientació al mercat, i l'organització amb finalitats econòmiques dels productors agraris, foment de l'associacionisme mitjançant la concentració, seguiment i control de les agrupacions, organitzacions de productors i altres operadors sectorials associatius; promoure mesures de sostenibilitat, eficiència i innovació en la cadena alimentària, mesures de crisi de mercats, relacions interprofessionals, aprofitament alimentari, la gestió dels ajuts comunitaris, nacionals i autonòmics relatius a aquestes matèries.
2. El Control de la qualitat agroalimentària, consistent a elaborar plans d'inspecció en matèria de lluita contra el frau en la producció i comercialització de productes agroalimentaris; el control oficial de les mesures que adopten la indústria i els agents comercials del sector agroalimentari en matèria d'implantació i gestió de qualitat, exclosos els punts de venda directa al consumidor i els agents de la producció primària; el control oficial de qualitat dels productes alimentaris, en les fases de manipulació, transformació, envasament, emmagatzematge i transport, amb destinació al mercat de la Unió Europea; el control oficial de la qualitat en fertilitzants, en les fases de producció, transformació, envasament, emmagatzematge, transport i comercialització majorista i minorista, amb destinació al mercat de la Unió Europea; la gestió dels laboratoris agraris; el control en escorxadors de la classificació de canals en vaquí i porcí; la instrucció dels expedients sancionadors en matèria de defensa de la qualitat agroalimentària, així com coordinar aquestes competències amb els plans i programes elaborats per l'òrgan directiu competent en matèria de sanitat vegetal.
3. Seguretat i control de la producció agrària, consistent a gestionar el risc per a la salut derivat de la utilització dels mitjans de producció agrària. Coordinar les actuacions en matèria de seguretat alimentària, tant en l'àmbit de la producció agrícola com ramadera, incloent-hi la pesca extractiva i les explotacions aqüícoles, i programar els controls d'higiene en aquestes explotacions; proposar actuacions de recerca en animals vius i en productes d'origen animal de residus de medicaments veterinaris i altres productes que es puguen detectar i executar actuacions en matèria de comercialització i ús racional de medicaments veterinaris; dirigir les actuacions de control en els establiments i operadors del sector de l'alimentació animal, en l'àmbit dels subproductes animals i els productes derivats no destinats al consum humà, garantint la seguretat de les substàncies que s'incorporen a la cadena de producció, comercialització i en la fabricació dels pinsos; gestionar el registre d'operadors d'alimentació animal així com el d'operadors de subproductes animals i productes derivats no destinats al consum humà; dirigir les actuacions en matèria de comercialització i utilització de productes fitosanitaris a les explotacions agràries; fomentar i controlar l'adopció de bones pràctiques agrícoles, especialment en la gestió de recursos potencialment contaminants del sòl i de l'aigua; coordinar les actuacions en matèria de dejeccions ramaderes així com els plans d'acció en zones vulnerables a la contaminació de nitrats incloent-hi el control de l'ús dels llots de depuradores en coordinació amb els centres directius competents en la matèria; la unitat d'anàlisi de sanitat animal adscrita a la conselleria; l'exercici de la potestat sancionadora en l'àmbit de les seues competències.
4. Anàlisi i informació de la cadena alimentària, consistent a coordinar i mantindre les fonts d'informació, inclosos els registres i les bases de dades de la Comunitat Valenciana, que reporten informació sobre els operadors de la cadena alimentària i la seua activitat, així com les relacions entre ells; explotar la informació continguda en les dites fonts d'informació i, d'altres que puguen estar disponibles, amb l'objectiu de realitzar anàlisis sectorials i, si és procedent, estudis de mercat; també, analitzar costos de producció, estudiar la geografia dels diferents elements de la cadena alimentària i el seu impacte territorial, entre els quals, la generació de subproductes agroalimentaris que puguen ser valoritzats; analitzar models de contractes agraris; qualssevol altres funcions d'anàloga finalitat que li siguen encomanades.