La Direcció General d'Universitats exerceix les funcions establides en l'article 70 de la Llei 5/1983, de 30 de desembre, del Consell, i les altres previstes en l'ordenament jurídic, en matèria de formulació, execució i seguiment de la política universitària i de formació superior; regulació i gestió administrativa de les competències de la Generalitat relatives a universitats, centres, estructures i ensenyaments universitaris; foment i desenvolupament del Sistema Universitari Valencià, i impuls de la seua qualitat, competitivitat i internacionalització; promoció de l'accés als estudis superiors; mapa de titulacions del Sistema Universitari Valencià; proposta del model de finançament universitari i de les taxes acadèmiques universitàries i d'estudis superiors; avaluació i prospectiva, i ensenyaments artístics superiors. Entre altres, exercirà les competències següents:

• Elaborar els estudis per a la formulació, execució i seguiment de la política universitària, de manera que, respectant l'autonomia universitària, responga a les necessitats socials, econòmiques, acadèmiques i científiques de la Comunitat Valenciana, especialment a fi d'afavorir la generació d'ocupació.
• Impulsar, fomentar i desenvolupar el Sistema Universitari Valencià, promovent-ne l'excel·lència, competitivitat i internacionalització, en el marc de la Llei 4/2007, de 9 de febrer, de la Generalitat, de Coordinació del Sistema Universitari Valencià, i de la normativa que la desplegue o complemente.
• Impulsar i tramitar les propostes d'autorització de competència de la Generalitat en relació amb les universitats, centres, estructures i ensenyaments universitaris en l'àmbit de la Comunitat Valenciana i del Sistema Universitari Valencià, quan no es trobe atribuïda a les mateixes universitats.
• Coordinar i desenvolupar, conjuntament amb el Sistema Universitari Valencià, l'accés als estudis superiors, de tal manera que es garantisquen els principis d'objectivitat, transparència, mèrit, capacitat i equitat en les oportunitats per a tal accés.
• Estudiar, analitzar, proposar i gestionar el procediment, partides pressupostàries i mitjans de finançament i inversió dels recursos que les universitats i els seus centres i estructures necessiten per al desplegament dels seus fins institucionals, així com per a l'R+D+I, tant amb caràcter pressupostari anual com en termes de programació pluriennal, i realitzar el seguiment i control d'aquest finançament, igual que el de les inversions corresponents.
• Analitzar, proposar, impulsar, gestionar, executar i realitzar el seguiment de la política en matèria d'ajudes, beques i subvencions relativa a ensenyaments universitaris la competència dels quals corresponga a la Generalitat.
• Autoritzar les operacions d'endeutament de les universitats públiques, previ informe favorable de la conselleria competent en matèria d'hisenda, així com les operacions de disposicions de fons previstes en el sistema de finançament de les infraestructures contingudes en el pla d'inversions de cada universitat prèviament aprovat.
• Establir, en desplegament dels acords pel Consell, les instruccions necessàries per a la correcta execució i control de les operacions de crèdit, financeres i de disposició de fons del sistema de finançament de les inversions de les universitats públiques vigent a cada moment.
• Impulsar la coordinació i la col·laboració, per raó de les matèries de la seua competència, amb els òrgans competents de l'Administració general de l'Estat o, en el seu cas, d'altres administracions públiques, sense perjudici de les atribucions legals i reglamentàries d'altres òrgans de l'Administració de la Generalitat.
• Coordinació, control i seguiment de l'Agència Valenciana d'Avaluació i Prospectiva i de l'Institut Superior d'Ensenyaments Artístics de la Comunitat Valenciana.
• Exercir les competències que l'ordenament jurídic atribueix a l'Administració Educativa en matèria universitària, de formació superior, en l'àmbit de la Comunitat Valenciana, excepte les que corresponguen a les persones que ostenten la titularitat de la secretaria autonòmica i de la conselleria de la qual depenen o, si és el cas, a altres conselleries o al Consell.
• Tramitar, proposar i, en general, executar els actes de gestió econòmica i administrativa que li corresponguen, dins de l'àmbit funcional del centre directiu i d'acord amb el que s'estableix en les disposicions i instruccions dictades pels òrgans competents.
• Elaborar, emetre informes i proposar disposicions sobre matèries del seu àmbit funcional, així com dictar resolucions, circulars i instruccions en assumptes de la seua competència.
• Qualsevol altra que li encomane la persona titular de la conselleria o que li conferisquen les disposicions vigents.